Località di grande interesse archeologico e storico su cui tutte le civiltà del passato hanno lasciato tracce notevoli dalla preistoria fino all'alto Medioevo. E' uno dei tuppi che caratterizzano la parte più alta del territorio.
Raggiunta l sommità del colle, ora non più inaccessibile grazie a una strada consortile, uno sguardo d'insieme ci mostra a sud la distesa dei boschi, verso est la piana di Carpino e, sullo sfondo, Cagnano con le sue colline. Poi il lago, la barra sabbiosa dell'Isola Varano, il mare fino a Rodi Garganico e il centro abitato di Ischitella.
Sui fianchi della collina si estende una vasta necropoli con tombe definite "bisaccia" del tipo rinvenute a Monte Saraceno, a Monte Tabor e in altre località del Gargano. Sulla base dei pochi reperti esaminati la necropoli risalirebbe a un periodo compreso tra il V e il IV secolo a.C. In queste tombe, che hanno una lunghezza massima che va dai 100 ai 140 cm circa, l'inumato poteva essere collocato solo in una posizione "fetale", cioè rannicchiato poggiante sui talloni. Il Corrain che ha studiato il materiale osteologico rinvenuto, ha ricavato la statura di due inumati di sesso maschile che è risultata di ben 166,9 cm.
E' possibile che le tombe servissero per più sepolture successive. Il corredo rinvenuto in una di esse, recuperato e studiato dal Fiorentino, è apparso estremamente interessante e indicativo di rapporti culturali con l'altra sponda dell'Adriatico. Esso è costituito da fibule, collane, ambre, ceramiche. Nel corso di lavori agricoli nella zona sono affiorati resti di muri. Un occhio attento può notare una demarcazione netta che circonda la sommità del colle e che farebbe pensare a resti interrati di una cinta muraria. E' significativo il fatto che una zona del presunto perimetro murario conserva il toponimo di Muraglia. Del resto anche altri toponimi sono indicativi: lo stesso nome Civita e poi Tribuna, Niuzi, Aia d'Ercole. Ai limiti del pianoro, a ridosso del presunto perimetro murario, c'è una depressione ad anfiteatro del diametro di un centinaio di metri.
Di questo centro abitato non si conosce il nome, ne si sono trovate iscrizioni. Una ipotesi accennata dal Cannarozzi, ripresa e documentata dal V. Russi, porrebbe sul Monte Civita la famosa Uria, città ricordata da vari scrittori romani e localizzata nell'area del lago di Varano, poi scomparsa. Uria sarebbe stata in altura, in posizione fortificata come altri insediamenti protostorici e ben visibili dal mare. Dopo che i romani occuparono la zona, venendo meno le esigenze di difesa, una parte degli abitanti di Uria sarebbe scesa nella piana di Carpino e nella zona del Crocifisso di Varano.
Un antico tratturo conosciuto come Carrara di Mercatante parte dai piedi della collina della Civita in località Niuzi e attraversa con percorso abbastanza rettilineo le località Cardosa e Chianchettata, dove, biforcandosi, raggiunge da un lato il lago in località Valico, Crocifisso e poi Irchio, dall'altro la località Chianca.
Questa potrebbe essere l'antica via di collegamento tra il centro abitato della Civita e il porto che poteva consentire agli abitanti di quel centro attività marinare.
E' possibile, dunque, che i due insediamenti, quello della Civita e quello di Varano, siano coesistiti verificandosi un graduale spopolamento, per un certo periodo, dal centro abitato di Monte Civita con la parziale migrazione verso il lago e verso la collina dove attualmente sorge Ischitella. Con quest'ultima zona il M. Civita è collegato da due tratturi: quello della Pietra e quello della Grotta del Tasso il quale ultimo lambisce la zona del Parco della Chiesa e del Valloncello dove si trovano sepolture del tipo paleocristiano.
Il centro abitato della Civita, avviato alla decadenza, era ancora abitato in epoca tardo-antica. Infatti nella zona di Niuzi esistono numerosi ipogei paleocristiani, alcuni ben conservati.
Il toponimo Niuzi potrebbe essere interpretato come "nuovo Dio", cioè la zona dove si sono insediati gli adoratori di una nuova divinità: i cristiani.