Apri l'immagine Questo lago ha la forma grossolana di un trapezio, largo una decina di chilometri, che si addentra per circa sette nella massa montuosa del Gargano. Il suo perimetro scarsamente frastagliato, ha uno sviluppo di circa 33km. Il fondale scende con una certa uniformità verso il centro dove raggiunge i 5 metri. Il lago viene alimentato, oltre che alle acque superficiali che scendono dai valloni circostanti, da numerose sorgenti che scaturiscono dalle rive e anche da sorgenti subacquee che sgorgono da specie di imbuti, detti localmente "pozzacchi. Il tombolo che separa il lago dal mare, ossia "l'Isola", è lungo una decina di chilometri e largo poco meno di uno, con dune che non superano i 4 metri. Esso si presenta verso il mare generalmente sabbioso mentre lungo la sponda opposta, rivolta al lago, è in parte argilloso, con ampie zone paludose che, prima della bonifica, venivano sommerse durante le piene. Le altre rive del lago salgono abbastanza rapidamente. Falesie biancheggianti, di modeste dimensioni ma assai pittoresche, si ergono in alcuni tratti e contrastano sullo sfondo verde degli uliveti e dei boschi che ammantano i monti circostanti.
Sarebbe l'antico portus Garnae citato da Plinio, di epoca preromana e romana, divenuto poi Baranum o Bayranum in epoca alto medioevale.
Testimonianze di tali epoche sono reperibili intorno alla peni soletta dove sorge la Chiesa del Crocifisso. I resti di un porticciolo sono sommersi dalle acque nella insenatura conosciuta come Sacca di Rocco Valente. Tracce di abitazioni, un capitello, un pavimento a mosaico erano visibili nella stessa zona. Una epigrafe funeraria di epoca imperiale è stata rinvenuta recentemente. Un'altra, pure della stessa zona, si troverebbe a Lesina; l'iscrizione asserirebbe che il Municipio romano di Varano veniva protetto da Marco Numizio.
Il toponimo Fara farebbe pensare che nella zona ci sia stato anche un insediamento longobardo.
Il primo documento che ricorda Varano è una donazione dell'anno 856 a favore del monastero di Montecassino. ? ricordata ancora alla fine del X secolo la Chiesa di "Santo Focato" di Varano.
Un diploma di Ottone I del 967 conferma alcuni diritti su Varano a Landolfo arcivescovo di Siponto.
Nel 1067 Ottone II confermò il possesso di Varano alla Basilica di San Michele sul Gargano.
Nel 1088 Petrone della famiglia dei Conti Gentile che ritroveremo come signori di Ischitella, donò al monastero di San Giovanni in Piano alcune località di Varano. In seguito Varano fu legato al feudo di Ischitella, perché, per motivi non chiari, fu gradualmente abbandonato,
Ultimo edificio del Borgo di Varano sarebbe, secondo il De Donato, la Chiesa del Crocifisso.
La formazione del lago
Poiché gli autori dell'antichità, Strabone e Pomponio Mela, parlano di "sinus" (seno) e non di lago o stagno, quando descrivono lo specchio d'acqua in questione, alcuni studiosi moderni ritengono che la chiusura rispetto al mare sia avvenuta dopo l'anno 1000. La sporgenza del monte d'Elio, presentando un ostacolo alla corrente radente la costa che trascina verso est il materiale clastico portato a mare dai fiumi che si trovano a nord-ovest del Gargano, avrebbe favorito la formazione di una zona di deposizione. La diminuzione del livello del mare o un bradisismo positivo avrebbe poi fatto emergere lo scanno.
Il lago comunica con il mare tramite due canali: Foce Varano (a est), di origine naturale sebbene il suo percorso molto sinuoso sia stato raddrizzato artificialmente; Foce di Capojale (a ovest), scavata tra il 1917 e il 1920 per scopi militari, dato che durante la prima guerra mondiale si era previsto di utilizzare il bacino come idroscalo e come rifugio per i motoscafi antisommergibili. A ricordo di questa iniziativa vi è la base militare abbandonata di S. Nicola, ora una sorta di città fantasma sulla riva occidentale.
Salinità ed eutrofizzazione
Le acque di Varano sono salate (23‰ S)ma non tanto quanto quelle del vicino mare (38‰ S) grazie all'azione continua delle nomerose sorgenti. Prima della maggiore penetrazione e miscelazione di acqua marina portata dall'escavo di Foce di Capojale, in mezzo all'acqua salata vi erano isole permanenti di acqua dolce (i "fetaturi") là dove sgorgavano i "pozzacchi". In queste zone circoscritte cresceva una rigogliosa vegetazione dulcacquicola e vi viveva confinata la tinca. Oggi, queste oasi idrobiologiche sono scomparse e con loro le tinche. Ipesci di Varano sono quelli tipici delle lagune salmastre: anguilla, orata, spigola,cefali, latterino, ecc.
La ricchezza ittica di Varano viene limitata da un fenomeno naturale che si manifesta quasi tutte le estati. Quando le acque si scaldano perdono la limpidezza e si tingono di rosso ruggine. Si tratta di fioriture di alghe unicellulari talmente dense da consumare quasi tutto l'ossigeno presente nell'acqua tanto da rendere l'ambiente invivibile per gli altri organismi. Quando si hanno queste fioriture i pesci cercano di fuggire in mare mentre gli altri organismi meno mobili come i granchi e i molluschi muoiono. Particolarmente colpite dall'anossia estiva sono le acque più profonde mentre si salvano quelle più basse e più vicine alle foci marine. I fondali più belli, coperti da una lussureggiante prateria di zostera, sono quelli della riva nord verso Foce Varano.
La pesca
Mentre in passato si utilizzavano reti caratteristiche quali la quadra e la tratta oggi si adoperano reti fisse quali il bertovello e il tramaglio. Anche le grisciole, tipiche trappole fatte di canne per prendere i pesci che migrano in mare, non vengono più allestite. L'economia si è negli ultimi tempi principalmente spostata sulla mitilicoltura. Tale attività è iniziata negli anni sessanta del Novecento con l'adozione del metodo tradizionale in uso nel Mar Piccolo di Taranto.
Cormorani tra i vivai e lungo le coste
Varano è estremamente importante come luogo di sosta degli uccelli acquatici, ma le acque aperte e profonde, e la mancanza di estesi canneti, favoriscono specie diverse rispetto alla vicina Lesina. In inverno sono particolarmente numerosi i cormorani, che trovano i pali dei vivai di cozze assai confacenti posatoi dove appollaiarsi per asciugare le penne dopo le immersioni. Su questi stessi pali trasversali spesso sostano gruppi di garzette e di aironi cenerini. Le acque profonde di Varano attirano particolarmente le anatre tuffarici (morella, morigliona, ecc.), oltre a svasso piccolo, svasso collorosso e svasso maggiore i quali, allorché ci si avvicina loro in barca, scompaiono sott'acqua invece di involarsi come fanno gli altri uccelli acquatici. Anche la folaga è ben rappresentata.
Assai frequente si vede nuotare lungo le rive la biscia dal collare. A proposito di rettile, molti fanno derivare il nome di Varano da "Urianus", cioè da "Uria", centro dell'antichità di cui si è perso l'esatto sito, ma non è da escludere la derivazione da Varano, cioé drago, la cui presenza mitica è spesso associata a laghi e e sorgenti.
Attorno al lago di Varano
Dal punto noleggio canoe (località Pagliaio Combattenti), si costeggia verso sinistra la riva del lago in un tratto molto frequentato dagli uccelli acquatici che vi svernano. Giunti a un bivio presso il canale di Foce di Varano si gira a sinistra per tornare sulla strada provinciale che si percorre verso destra superando il canale stesso e poco oltre, sulla destra, la cinquecentesca Torre Varano. Dopo il camping "La Pioppeta", si abbandona la provinciale per una strada a destra in mezzo agli uliveti della Piana Muschiaturo. La strada si fa sterrata e dopo aver superato un canale prosegue in saliscendi sulla sponda del lago fino al Crocifisso di Varano, antico oratorio eretto su di un roccione in riva al lago. Da qui lo sguardo abbraccia tutto il lago di Varano. Una leggenda vuole che la chiesa, già esistente nel XVI secolo, sia l'unico edificio superstite, della città di "Uria", sepolta dal mare per punizione divina a causa dell'empietà dei suoi abitanti. All'interno e custodito un magnifico Crocifisso ligneo del XIII secolo al quale gli abitanti della zona attribuiscono poteri miracolosi: nel 1717, in un periodo di grave siccità, si fece una processione del Crocifisso e il 23 aprile la pioggia venne a salvare i raccolti. Da allora la processione viene ripetuta ogni anno, lo stesso giorno, nell'ambito di una bella festa popolare.