Chiesa di S. Maria Maggiore
E' a tre navate, coperta da volte a sesto ribassato che poggiano su pilastri quadrangolari. Annesso alla chiesa vi è un campanile in cui si notano sovrapposizioni di varie epoche. Il primo restauro risale al 1632 dopo il terremoto perché nel 1675 fu riconsacrata dal card. Vincenzo Maria Orsini con il fonte battesimale e otto altari. La volta era coperta da un soffitto a legno dipinto. Altri restauri sono avvenuti nel secolo XX°: 19°9, 1967, 1983.
Si possono ammirare le statue lignee dell'Addolorata, di S.Maria Maggiore, dell'Assunta della fine del secolo XVIII°, la statua settecentesca di S. Michele Aracangelo e il gruppo scultoreo ligneo rappresentante l'Arcangelo Raffaele, forse di scuola napoletana.
Chiesa e Convento di S. Francesco
La chiesa è a due navate e risale al secolo XV°. La navata centrale, più ampia, termina con un arco trionfale policentrico a cui fa seguito una zona absidale a pianta quadrangolare coperta oggi da cinque capriate. La chiesa è illuminata da sei finestre a sesto acuto di stile goticheggiante che si aprono sulla parte di sinistra e di desta, però tre sono illuminate mentre le altre tre di destra sono occluse. La navata laterale è con volta a crociera. La chiesa ha subito nel corso dei secoli notevoli trasformazioni. Nel 1600 ha una sola navata, nel 1721 presenta sul lato destro un corpo aggiunto che si chiamerà navata laterale. Nel 1777 c'è una dettagliata descrizione della chiesa dalla quel si evince che tra il 1721 e il 1777 la chiesa è stata allungata nella parte anteriore; si parla anche di un soffitto dipinto e di pavimento ad astrico. La copertura era a capriate secondo lo stile francescano e ad esse era stata applicata una controsoffittatura in legno dipinto. Alla fine del sec. XIX° tale soffitto era stato ricoperto da tela egualmente con dipinture. Intorno al 1920 le capriate furono sostituite da una volta a botte e fu sollevato il piano di calpestio. Sotto l'unico pavimento esistono delle fosse per sepolture e in una di queste è sepolta Lucrezia Micaglia, madre di Pietro Giannone, storico e giureconsulto del regno di Napoli che nacque a Ischitella nel 1676 e nel suo paesello garganico visse i suoi primi 18 anni. Di lui è fondamentale la "Historia civile del Regno di Napoli", opera pubblicata nel 1723 e che fu causa del suo lungo e doloroso esilio. Nella chiesa si trovano delle tele dei primi del 1700 di scuola napoletana; una di esse, l'Adorazione dei pastori è datata 1707 ed è firmata Gennaro Abbate; l'altra tela rappresenta la Crocifissione. Sulla destra dell'altare maggiore esiste il monumento sepolcrale del principe Luigi Pinto in pietra finemente scolpita, eretto dal figlio Francesco Emanuele nel 1749.
L'attiguo convento si sviluppa intorno ad un chiostro quadrangolare posto nel lato nord della chiesa. ? la tipica struttura conventuale: per secoli ha ospitato una fiorente comunità di Francescani Minori Osservanti, fra i quali vanno ricordati fra' Francesco da Ischitella, maestro di filosofia di Pietro Giannone e Padre Michelangelo Manicone, autore della "Fisica Appula".
Il documento più antico che ricorda il convento di Ischitella è del 1330. Una notizia riferita da P. Vincitorio senza citare la fonte dice che il convento di Ischitella è stato "fondato da S. Francesco dopo aver ottenuto dal conte Matteo Gentile una piccola cappella dedicata a S. Michele Arcangelo". La notizia è verosimile perché il conte Matteo Gentile all'epoca era feudatario di Ischitella.
Chiesa di S. Eustachio
Attigua al palazzo dei principi Pinto c'è la chiesa di S. Eustachio. La facciata si presenta elaborata con modanature e fregi in pietra. Ai lati dell'ampio portale si aprono due nicchie nelle quali sono collocate due statue in pietra rappresentanti S. Eustachio e S. Pasquale. Al di sopra di esso è posto un finestrone rettangolare al centro del quale è inserita una nicchia contenente la statua di S. Michele. La chiesa è ad una sola navata. Oltre all'altare maggiore vi sono quattro altari tutti in pietra e stucchi e quattro tele settecentesche firmate dal pittore napoletano Gennaro Abbate. La Comunità Montana e la Provincia nel 2007 hanno finanziato il restauro ad opera della dott.ssa Maria Elena Lozupone per interessamento della Congregazione e del Cappellano.
Chiesa del Purgatorio
A pochi metri dalla Portella si trova la chiesa del Purgatorio è ad una sola navata, coperta da capriate, nascoste da un controsoffitto a volta. La chiesa è posteriore al 1678 ed è stata costruita dalla congregazione della Morte e della Orazione che fino al 1705 funzionava nell'antica chiesa di S. Eustachio. In essa si può ammirare una bella tela settecentesca rappresentante la Madonna della mercede, di scuola napoletana.
Abazia della SS. Annunziata di Varano
A ovest di Ischitella, sulle rive del Lago Varano, sorge una chiesetta sotto il titolo della SS. Annunziata, chiamata dal popolo chiesa del Crocifisso per la presenza di un'antica e artistica immagine del Crocifisso che si venera il 23 aprile. Da un documento epigrafico del 1509 si ricava l'esistenza della chiesa; nel 1539 Papa Paolo III° concede la chiesa in giuspatronato perpetuo all'arciprete di Ischitella don Giovanni De Palis. Papa Giulio III° la elevò al rango di Abazia. Nel 1855 la chiesa fu restaurata e ampliata dall'abate Francesco Saverio De Donato. Questi aggiunse la cappella del Crocifisso, posta sul lato destro della chiesa e una sagrestia. Con la morte dell'ultimo abate don Francesco Antonio De Donato nel 1905 la chiesa fu officiata dal capitolo di ischitella. Nel 1936 essa fu affidata con decreto arcivescovile alla Pia Unione del SS. Crocifisso che ancora oggi la tiene in custodia e opera tante iniziative per il ripristino delle tradizioni religiose.
Crocifisso di Varano
Come la prua di una nave, lo sperone roccioso su cui è adagiata la Chiesa della SS. Annunziata si tuffa nel lago di Varano. Da questo avamposto orientale è possibile immergersi nel magnifico paesaggio che questo specchio d'acqua offre ai suoi visitatori sia dalle sue sponde che dai colli che lo circondano.
In questa oasi di pace la natura ancora intatta e gli splendidi panorami coinvolgono tutti i sensi in un crescendo di emozioni che toccano l'apice nella luce dorata di indimenticabili tramonti.
Uliveti secolari ammantano i dolci colli dell'area del Crocifisso di Varano e antiche masserie, spesso con piccoli frantoi a macine al loro interno, arricchiscono questo quadro naturale.
Dal Paleolitico fino al secolo XV, l'area del Crocifisso di varano è stata occupata da numerosi insediamenti umani. Lo testimoniano manufatti litici, epigrafi romane e documenti ufficiali come il diploma di Ottone I dell'anno 967 in cui si parla del Borgo di varano. Il Crocifisso di Varano è una statua lignea policroma, di autore ignoto, che risale al 1300.
Il culto del Crocifisso di varano risale probabilmente al secolo XV. Infatti. Già nel 1509 il Crocifisso aveva fama di essere miracoloso in particolare nello scongiurare le frequenti siccità che colpivano il territorio.
La ricorrenza del 23 aprile si riferisce proprio ad uno di questi eventi di pioggia miracolosa ripetutasi in altre occasioni nel 1717, 1899 e nel 1948.
Processioni di fedeli hanno accompagnato per secoli il Crocifisso di varano dalla Chiesa della SS. Annunziata fino alla Chiesa Matrice di Ischitella, per fare ritorno sulle sponde del Lago di Varano.
Fino al 1924, alle processioni partecipavano anche i "Disciplinanti", gruppi di fedeli che per penitenza si percuotevano la schiena con la disciplina.
E' tradizione che in occasione delle processioni il Crocifisso esca dalla Chiesa dell'Annunziata allo spuntare del primo raggio di sole che sorge in questo giorno proprio alle spalle di Ischitella.
La festa del 23 di aprile è vissuta dai fedeli con grande partecipazione e coinvolge tutti i comuni del circondario. A grande attenzione è stata posta nella riscoperta delle antiche tradizioni e dei canti popolari e litanie che accompagnano le processioni del Crocifisso.
Ancora oggi è possibile sentire il coinvolgimento religioso e popolare che avvolge le manifestazioni e ricorrenze del SS. Crocifisso di Varano.
Abazia Benedettina di S. Pietro in Cuppis
A circa due chilometri a ovest di Ischitella, su una collinetta elevata, si trovano i ruderi dell'antica "Cella" benedettina di S. Pietro in Cuppis con l'annessa chiesa romanica. ? ricordata per la prima volta in un documento del 1058. Papa Stefano IX prese in quell'anno sotto la sua protezione l'abazia di Calena e tra le dipendenze di questa viene ricordata "la cella di S. Pietro di Ischitella. In una bolla di papa Alessandro III° del 1177 viene ricordata come S. Pietro Criptae Novae.
In un documento del 1225 un signore di Ischitella, Paolo, donò il monastero di S. Pietro Opineae Novae alla badia di Pulsano. Nei primi anni del '600 il monastero è chiamato S. Pietro in Cuppis.
Nel 1774 con bolla dell'arcivescovo Francesco Rivera il monastero di S. Pietro in Cuppis fu unito alla mensa arcivescovile di Manfredonia.